Las Federaciones son fundamentales para llevar a cabo las iniciativas promovidas por la CNEP, actúan como intermediarios y canales mediante los cuales se ejecutan los servicios y se implementan las propuestas nacionales. Las Federaciones son cercanas a las necesidades y realidades de las escuelas afiliadas, por tanto, ofrecen los servicios CNEP a las comunidades educativas de afiliadas de acuerdo a lo que requieren.
Fomentar la autogestión en los colegios es una estrategia que fortalece a las instituciones para que sean responsables de su propia administración y desarrollo, lo que puede llevar a una mayor eficiencia y alcance en las metas educativas. Promover un sentido de pertenencia entre los miembros de las Federaciones, así como a nivel regional y nacional, es esencial para fortalecer la unidad y la identidad.